اعوجاج هارمونیک یا توتال هارمونیک دیستورشن (total harmonic distortion) یکی از مهمترین مسائل مربوط به سیستمهای برقی است. هرچه مقدار اعوجاج هارمونیک کمتر باشد، بهتر است چراکه با کاهش هارمونیکها ضریب توان و بهره‌وری دستگاه افزایش و جریان پیک کاهش خواهد یافت. کم بودن مقدار THD به اندازه ای مهم است که استانداردهای بین‌المللی مثل IEC 610003-2 برای جریان هارمونیک تجهزیات مختلف محدودیتهایی تعیین کرده‌اند.

امواج هارمونیک وقتی تولید میشوند که تجهیزاتی مثل سرورها، درایوهای فرکانس متغیر، دستگاه های فتوکپی و دیگر تجهیزات اداری جریان را به شکل پالسی دریافت می‌کنند نه به شکل سینونسی خطی. شاید عجیب به نظر برسد اما UPSها نیز ممکن است چنین اعوجاجی تولید کنند.

بهترین راه برای جلوگیری از اعوجاج هارمونیک تولید شده توسط UPS این است که از یوپی‌اسهای مدرن و بدون ترانسفورمر استفاده شود. اعوجاج هارمونیک کل در یوپی‌اس مبتنی بر ترانسفورمری که دارای رکتیفایر 6-پالس باشد حدود 30% است. با استفاده از رکتیفایر 12-پالس می‌توان این مقدار را به 10% کاهش داد؛ با نصب پسیو فیلترینگ (passive filtering) نیز می توان این مقدار را به 5% رساند؛ هرچند نصب فیلتر پسیو چندان کم هزینه نیست. یوپی‌اسهای نسل جدید به فیلترهای فعالی مجهز هستند که مدام اثرات هارمونیکهای ناخواسته را رفع می‌کند. در نتیجه در این یوپی‌اسها اعوجاج هارمونیک با بار کامل پایین 2% و با بار 25%حدود 3.5% است.